又名云林禅寺。在西湖西北灵隐山麓法云弄,面对飞来峰,背倚北高峰,建于东晋咸和三年(328年),一说咸和元年。相传印度僧人慧理到此,认为是“仙灵所隐”之处,于是创建寺宇。唐大历六年(771年)整修。会昌年间寺毁。五代吴越国时,曾二次扩建,当时有九楼、十八阁、七十二殿,房屋一千三百余间,僧众三千。南宋时定为禅宗五山之一,称东南第一山。元至正十九年(1359年)毁。明洪武十七年(1384年)重建觉皇殿,宣德五年(1430年)毁,九年重建,隆庆三年(1569年)毁,万历十一年(1583年)重修。清顺治六年(1649年)重建。光绪年间大修。民国22年(1933年)改建天王殿。
灵隐寺原为杭州最古老的建筑群,由于天灾人祸,许多珍贵的建筑遗产未能保存下来。抗日战争时期,遭到严重破坏。1951年大雄宝殿梁塌。1953年进行全面整修,大雄宝殿改为钢筋水泥建筑。1966年“文化大革命”中险遭破坏,当时部分学生、工人及当地农民自发组成保护队伍,才得幸存。1975年,又进行全面整修,殿内佛像重新贴金和彩绘。
现今寺内主要建筑有山门、天王殿和大雄宝殿;东西厢房、联灯阁、大悲阁、客堂、斋堂等。天王殿为重檐歇山顶建筑,内有弥勒佛坐像,木雕韦驮像和四大天王坐像。韦驮像相传为南宋雕造。大雄宝殿高33.6米,单层三檐歇山顶。殿正中有木雕金装释迦牟尼坐像,高19.6米,东西两旁为二十诸天。大殿后壁,塑“善财童子五十三参”故事群塑,上有大小佛像一百多尊,神情并茂。大雄宝殿前两座八角九层石塔,建于北宋建隆元年(960年),为五代吴越国末期遗物。塔高11米余,是仿照木构楼阁式实心塔。两塔对称,间距42米,层层收分,每层均雕出乎座(即回廊)、檐子、柱子、阑额和斗拱等。檐子上刻出飞椽、筒瓦、滴水瓦当、戗脊等。塔身四面雕壶门和佛像,底层刻经文。雕造精细,仿造木构建筑逼真。天王殿前东西两侧经幢,为八面形多层石幢,下部须弥座为基础,左幢刻《大佛顶陀罗尼经》,右幢刻《大随求即得大自在陀罗尼经》。幢身之上为宝盖、宝珠、仰莲、短柱、伞盖、流云、覆莲和磐石等。西幢在建幢愿文后署:“天下大元帅吴越国王建,时大宋开宝二年己已岁闰五月口日”。此幢原建于钱王家庙奉先寺内,后吴越国纳土于宋,奉先寺遂废。灵隐寺住持延珊于北宋景祐二年(1035年)迁建至今址,并刻有迁幢题记。
1961年4月,浙江省人民委员会公布灵隐寺为省重点文物保护单位。1981年4月,浙江省人民政府重新公布为省级文物保护单位。